遺伝子組み換え大豆
有機食品と認められている醤油は、その原料となる大豆に遺伝子組み換えを用いていません。そのため、原材料の表示部分に非遺伝子組み換えと記入されています。現在、その多くが輸入ものの大豆ですが、大抵遺伝子組み換え大豆が使われています。しかし最終的には組み入れた遺伝子とそれによって発生したたんぱく質は分解されてしまうため、製品に残存することはないと言われています。また、残らないことから遺伝子組み換え大豆を使っていても、その表示義務はありません。
醤油の作り方には本醸造と新式醸造方式があります。大抵前者となりますが、中には後者のものもあり、こちらは前者のものにアミノ酸液を添加して、発酵及び熟成させたものです。また使用するアミノ酸液は酸で大豆を分解させたものとなります。ほとんど九州地域での消費となっていますが、日本で製造される醤油の20パーセントほどがこの新式醸造方式にて生産されたものとなります。尚、この方式で作られたものには甘味料や調味料、着色料などを加えているものも見られます。食品としての危険性は無く、その使用基準も食品衛生法にて定められています。
一般に醤油は濃口と薄口、さいしこみ、たまり、しろの五つに分類されます。これはJAS規格で定められているもので、市場へ出回っているほとんどは濃口となります。更に特級、上級、標準といった分類方法もあります。その他、近年の健康志向からうす塩や減塩醤油なども見られます。